Localizada no centro da Vila de Vagos, os primeiros estatutos conhecidos da Misericórdia em Vagos datam de 1694. Nesta data existia uma capela da Misericórdia com irmandade e na capela uma imagem de Nossa Senhora da Misericórdia. No século XIX, existiam ainda edifícios adstritos à Misericórdia que foram demolidos para edificar a atual capela. Os modernos estatutos da irmandade da Misericórdia datam de 1876, continuando a haver uma irmandade do Senhor dos Passos ligada à capela com o mesmo nome.