A data exata da chegada dos primeiros Franciscanos a Coimbra é incerta, mas sabe-se que a sua presença na cidade é anterior a 1226. De início, tratava-se de uma pequena comunidade de frades, descendentes dos fundadores da Ordem, cuja presença na cidade é associada ao episódio dos cinco Mártires de Marrocos. Em 1247, a fundação do edifício primitivo do Convento de São Francisco supõe o crescimento da presença de Franciscanos em Coimbra. Situado junto à Ponte de Santa Clara, na margem esquerda do Mondego, o nome do antigo Convento perdurou na memória coletiva como São Francisco da Ponte.
A subida do leito do Mondego, responsável por sucessivas inundações e assoreamentos, obrigou os frades a construir um novo edifício num local mais seguro, no sopé da colina de Santa Clara. A Bula do Papa Júlio II, concedida a D. Manuel em 1506, autorizou a mudança da Ordem, mas o primitivo Convento só foi definitivamente abandonado em finais do século XVI. Apesar de devoluto, o edifício ainda foi arrendado, por um período de dois anos, antes de ser destruído em 1641.
A primeira pedra do novo Convento de São Francisco terá sido lançada a 2 de maio de 1602, com projeto, provavelmente, da autoria do arquiteto Vicenzo Cazale. Para a sua construção, foi necessário recorrer a peditório de esmolas e a donativos, além da reutilização de materiais da anterior edificação.
A 29 de novembro de 1609, os Franciscanos ocuparam o novo Convento, embora as obras se tenham prolongado até ao final do século. A Venerável Ordem Terceira foi instituída no Convento de São Francisco em 1659. O convívio com os frades nem sempre foi tranquilo e esteve na origem de muitas transformações em diversos espaços conventuais e na igreja.
Em Coimbra, a participação da população na guerra de resistência contra as tropas francesas foi impressionante, alastrando-se aos mais diversos setores da sociedade local, com implicações diretas no novo edifício do Convento de São Francisco. Durante o período das Invasões Francesas (1807-1810), as tropas ocuparam o Convento, que terá servido de quartel e hospital, deixando um rasto de pilhagem, destruição e morte. Nas campanhas arqueológicas, realizadas entre 2010 e 2013, foram descobertas ossadas e outros vestígios, nomeadamente botões, fivelas e medalhas, que deverão ter pertencido a soldados das invasões napoleónicas.
Durante o século XIX, com a extinção das Ordens Religiosas, em 1834, o Convento viria a assumir outras funcionalidades. A 20 de novembro de 1854, a igreja do Convento de São Francisco passou a sede da nova freguesia de Santa Clara. Em 1875, a igreja foi desanexada e a ordem de profanação do extinto Convento foi participada pelos párocos de Santa Clara e de S. Bartolomeu. A antiga igreja transformou-se numa fábrica de massas alimentícias, propriedade de José Vitorino Botelho de Miranda.
Vendidos em 1842, a José Mello Soares Albergaria, os espaços conventuais acolheram uma fábrica a vapor para a fiação, torcedura, tecelagem e tinturaria de algodão, lã e seda. Constituída em 1875, com a designação de Companhia de Fiação e Tecidos de Coimbra, esta unidade fabril encerrou poucos anos depois. No ano de 1884, o edifício conventual pertencia a José Lopes Guimarães, dono de grandes armazéns de vinho.
A sociedade de comércio e indústria Peig, Planas e C.ª foi constituída em julho de 1888 e instalou no Convento uma unidade fabril têxtil. À época, as instalações da fábrica eram arrendadas a Emídio Júlio Navarro. Dedicada à fiação e manufatura de tecidos de lã e estambre, a Fábrica Planas ocupou a totalidade dos espaços conventuais e a igreja, conjugando teares mecânicos e manuais.
A laborar durante quase um século, a unidade fabril transformou-se em Clarcoop - tecidos e confeções em finais dos anos 70 do século XX. Mantendo-se a funcionar com esta designação durante os anos 80, esta cooperativa era constituída por trabalhadores da antiga Fábrica de Lanifícios de Santa Clara e, em menor número, provenientes de outras fábricas têxteis instaladas em Coimbra e proximidades.
No âmbito da reabertura do Convento São Francisco, em abril de 2016, a Câmara Municipal de Coimbra desenvolveu o projeto de arte urbana FIO | Memórias como Matéria-Prima. Dedicado à memória do trabalho na Fábrica de Lanifícios de Santa Clara, foi dado especial protagonismo aos seus antigos proprietários e aos que nela trabalharam. A pintura dos seus rostos, pelo artista Samina, em diversos murais espalhados pela cidade e localidades do concelho de Coimbra, foi uma forma de homenagear os últimos habitantes do antigo Convento.
Em julho de 1986, o edifício foi adquirido pela Câmara Municipal de Coimbra. Após vários anos sem ocupação permanente e com eventos pontuais, sobretudo do domínio artístico, as obras de requalificação do antigo Convento de São Francisco tiveram início em outubro de 2010.
Da autoria do arquiteto João Luís Carrilho da Graça, o projeto concretizado pela Câmara Municipal de Coimbra, com financiamento comunitário do POVT-QREN, reabilitou o Convento, conferindo-lhe uma dinâmica contemporânea, ainda que mantendo a traça original, contemplando também a construção de raiz de um auditório com capacidade para 1125 lugares.
No ano de 2015, foi iniciada a obra de recuperação da antiga igreja do Convento de São Francisco que, tendo regressado, em 1996, à posse da Diocese de Coimbra, foi por esta novamente entregue à Câmara Municipal de Coimbra em janeiro de 2009. O projeto de arquitetura de recuperação da igreja é da responsabilidade de Gonçalo Byrne.
Esta intervenção municipal dotou o Convento São Francisco de um auditório, único no país, e de várias salas polivalentes, que transformaram o edifício num Centro Cultural e de Congressos, reaberto ao público a 8 de abril de 2016. Um espaço com características únicas no contexto nacional que contribui para o enriquecimento e notoriedade cultural de Coimbra. O equipamento municipal é também um agente de desenvolvimento económico do território, impulsionando diversos setores estratégicos, designadamente o turismo.
Atualmente, o Convento São Francisco - Coimbra Cultura e Congressos - Património Municipal é um espaço multifuncional que conjuga a economia, a cultura, o conhecimento e a inovação ao serviço do desenvolvimento da cidade, da região e do país. Enquanto estrutura municipal que acolhe e produz eventos nessas diversas áreas, justifica uma estratégia de sucesso, apostando na qualidade dos serviços prestados e da programação apresentada.
Os primeiros meses de funcionamento do equipamento municipal Convento São Francisco, evidenciaram o fulgor que é possível alcançar com um projeto desta magnitude. A experiência realizada superou as expectativas de partida, atendendo à resposta massiva manifestada em todos os eventos promovidos.
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