Estabelecido, em 1540, pelo bispo de Miranda, D. Rodrigo de Carvalho, para doze clérigos pobres mirandeses estudarem Teologia ou Cânones na Universidade de Coimbra. O edifício foi construído entre 1543 e 1548 e originalmente, era composto por uma igreja, um claustro e um dormitório. Em 1574, El-Rei D. Sebastião concedeu a estes religiosos o edifício junto à Alcáçova Real (a Sul do que é hoje a Porta Férrea), passando o Colégio de São Pedro a usufruir de dois edifícios, um na Baixa, outro na Alta. O edifício da baixa ficou sob a alçada da Ordem Terceira Regular de São Francisco (frades Franciscanos Calçados ou frades Terceiros, vulgo “Borras”) e o da Alta destinava-se a doutores e licenciados com vista à docência. A partir de 1834, foi integrado no património da Universidade e, desde o século passado, após ter sofrido grandes alterações, foi adaptado a reitoria e serviços administrativos.
Integra o bem Universidade, Alta e Sofia, classificado Património Mundial pela UNESCO, desde 2013.
Grande parte do edifício sofreu adaptações ao longo do tempo, podendo não manter todas as características arquitetónicas originais.
A sua estrutura simples contrasta com outros colégios mais ornamentados, refletindo uma filosofia maus austera da congregação que o habitou.
O acesso ao espaço interior pode estar limitado devido a reafetamentos funcionais do edifício.
O seu valor está na representatividade enquanto símbolo da organização religiosa da cidade universitária e na sua integração no traçado urbano da Coimbra académica.
Fundado no século XVI para acolher membros da ordem dos Clérigos Seculares, o colégio integrou o movimento reformista que marcou a Universidade de Coimbra após a sua consolidação na cidade.
A sua existência reflete o papel determinante da religião na estrutura educativa da época, sendo atualmente uma referência no estudo da organização dos colégios universitários.
Rua da Sofia, 158
3000-390 Coimbra